Οι βάσεις του Ρεθεμνιώτικου ποδοσφαίρου µπήκαν από το 1925, µε την ίδρυση των πρώτων σωµατείων από ανθρώπους που αγαπούσαν τον αθλητισµό.
Αρχικά το πρώτο σωµατείο που ξεκίνησε τις πρώτες ενέργειες γύρω στο 1925 ήταν ο Ατρόµητος, ενώ το 1927 ακολούθησαν ο Εθνικός ή ΑΟΡ και ο Αχιλλέας. Αυτές οι 3 οµάδες πήραν µέρος και στο πρώτο ανεπίσηµο πρωτάθληµα του 1929.
Το 1925 µε πρωτεργάτες τους Ανδρέα και Μανούσο Κλάδο, Γιάννη Τζέλησι, Δ. Μαρκουλάκη, Χαρ. Κουτσουράκη, Β. Φύκια κ.α., ιδρύθηκε το πρώτο Ρεθεµνιώτικο Σωµατείο, µε τους αναφερθέντες να είναι και ποδοσφαιριστές του.
Πρώτοι πρόεδροι και παράγοντές του ήταν οι: Γρηγόρης Δάνδολος, Μανούσος Χατζηγρηγόρης, Στέλιος Ψυχουντάκης (ο µετέπειτα δήµαρχος), X. Κουτσουράκης, Β. Δρανδάκης, Γ. Σηφάκης, Μ. Κούνουπας κ.α. ενώ ο Νίκος Γκαγκαουδάκης ήταν ο εκπρόσωπός του στο ΣΕΓΑΣ.
Στο πρώτο ανεπίσηµο πρωτάθληµα που έγινε το 1929, ανάµεσα σε Ατρόµητο, ΑΟΡ-Εθνικό και Αχιλλέα ισοβάθµησαν Ατρόµητος µε ΑΟΡ και στον τελικό κέρδισε 1-0 ο Ατρόµητος κατακτώντας το πρώτο τρόπαιο. Το ίδιο συνέβη και το 1930.
Στις 24-5-1930 έγινε στο Ρέθυµνο στην πλατεία Αβέρωφ (Νοµαρχίας), παρουσία του επισκόπου κ. Τιµοθέου και Αρχών, το πρώτο µεγάλο φιλικό µε τον ΟΦΗ, µε την οµάδα του Ηρακλείου να κερδίζει 3-0, ενώ ήρθε στην πόλη µας µε το ατµόπλοιο «Κανάρης».
Με τον Ατρόµητο αγωνίζονταν τα πρώτα χρόνια οι: Ι. Τζέλησις,, Γ. Πανταζής, Β. Φύκιας, Μ. και Α. Κλάδος, Ε. Μιχελάκης, Στ. Παπαδάκης, Χ. Κουτσουράκης, Β. Δαµβόγλου, Δ. Μαρκουλάκης, Κ. Ποθουλάκης, Ε. Μαραγκουδάκης, Ν. και Γ. Καραµανώλης, Ζιράρ, Κ. Δρανδάκης, Ι. Τζανιδάκης, Αρτήν Αρτινιάν, Ν. Γκαγκουδάκης, Β. Ουρανός, Μ. Μαγριπλής κ.ά.
Η κορυφαία Ρεθεµνιώτικη 11άδα το 1930-31
Από το 1930-31 έχει ξεκινήσει ο θεσµός της ανάδειξης των διακριθέντων ποδοσφαιριστών σε κάθε χρονιά. Η πρώτη ρεθεµνιώτικη αθλητική εφηµερίδα «Κρητικά Σπορ» των Κ. Παπαδάκη και Κ. Πελτέκη µετά από ψηφοφορία ανέδειξε την κορυφαία 11άδα του 1930-31 (εντός παρενθέσεως οι ψήφοι) που ήταν:
1. Αν. Κλάδος (56)
2. Δ. Μαρκουλάκης (52)
3. Ν. Βαρδαµίδης (8)
4. Τ. Μεσθεναίος (7)
5. Μανούσ. Κλάδος (5)
6. Χ. Κουτσουράκης (3)
7. Ζιράρ Μουχαµιάν (2)
8. Θ. Πανάγος (2)
9. Ασλάνης Κολυβάς (2)
10. Β. Φύκιας (2)
11. Παγδίκ Πατικιάν (2)
Πορεία και τίτλοι
Η ομάδα του Ατρομήτου αγωνίστηκε στα τοπικά πρωταθλήματα ΕΠΣΡ από το 1956 - 1983, εκτός από το 1966-67 που πήρε μέρος στη Γ΄ Εθνική ερασιτεχνική.
Ο Ατρόμητος κατέλαβε την 3η θέση, ο Ρεθυμνιακός την 2η και ο Άρης την 7η, με πρωταθλήτρια την ΑΕΚ Φαλήρου, με τις τρεις ομάδες να κερδίζουν την παραμονή.
Δυστυχώς την επόμενη χρονιά καταργήθηκε η Γ΄ Εθνική και οι ομάδες επέστρεψαν στο Τοπικό.
Το 1983 με πρόεδρο τον Δημόκριτο Περάκη, έγινε η συγχώνευση της ομάδας με το Ρεθυμνιακό και τη σύμπραξη και άλλων ομάδων της πόλης και έγινε η ΕΑΡ.
Τίτλοι
Γ΄ Τοπικό (1) 1956
Β΄ Τοπικό (1) 1980
Α΄ Τοπικό (1) 1966
Κυπελούχος (1) 1956
