Η διοίκηση των σχολείων της Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης από τα πρώτα χρόνια στο Ν. Ρεθύμνου ήταν σε ενιαία περιφέρεια (μια επιθεώρηση).
Τα στελέχη που είχαν την ευθύνη όλων των σχολείων αρχές του 1900 ήταν οι: Γεώργιος Στεφανάκης, Χαράλαμπος Φραγκάκης, Ιωάννης Καπερνάρος (1915), Νικόλαος Μπέμπελης, Ιωάννης Καλλιγάς, Κ. Μπέλκας (1924), Ιωάννης Φώτιος (1930).
Από το 1931 ο νομός διχοτομήθηκε σε δύο εκπαιδευτικές περιφέρειες Α’ και Β’.
Α’ Περιφέρεια (Επιθεώρηση)
Στεγαζόταν τα πρώτα χρόνια στο 2ο Δημοτικό (Καμαράκι).
Επιθεωρητές (1930-1983): Λάζαρος Πετρίδης, Γεώργιος Βασιλάκης, Αντώνης Δραγωνέας, Κωνσταντίνος Λεμπιδάκης, Θανάσης Καραμούζης (1971-77), Γιάννης Μανδαλάκης, Μιχάλης Σερπετσιδάκης, Θεόδωρος Φουρφουλάκης. (Το 1983 καταργήθηκε ο θεσμός). Η βαθμολογία των επιθεωρητών σε κάθε δάσκαλο αφορούσε α) Επιστημονική ικανότητα, β) Διδακτική, γ) Διοικητική, δ) Ευσυνειδησία, ε) Ήθος.
Σχολικοί Σύμβουλοι Α’ Περιφέρειας: Ευθύμης Λάμπρου (1983-98), Νικόλαος Αποστολάκης, Θεόδωρος Ελευθεράκης, Παρασκευή Βολικού, Μιχάλης Κολιοραδάκης (2011), Αλεξ. Πεδιαδίτης (2023-).
Διευθυντές Εκπαίδευσης: Μιχάλης Σκούληκας (1983-88), Ιωάννης Φωτάκης (1988-2001), Θανάσης Απανωμεριτάκης, Κώστας Τζανιδάκης, Σοφία Φραγκούλη-Σιγανού (2004 η μοναδική νηπιαγωγός στην Ελλάδα ως διευθύντρια), Ιωάννης Κουτάντος, Στάθης Κοντογιάννης (2010- 2018), Ευαγγελία Παντελιδάκη- Μαντά (2018-2022), Λάμπρος Καρβούνης (2022-).
Β’ Επιθεώρηση-Περιφέρεια (1ο Γραφείο)
Μέχρι το 1970 στεγαζόταν στο 1ο Δημοτικό Σχολείο «Τούρκικο», στη συνέχεια δίπλα στον ΟΤΕ και τελευταία στην οδό Χατζηδάκη.
Επιθεωρητές: Βασ. Θεοφανόπουλος (1931), Ευαγγελίδης, Παναγ. Κασσιμάτης (1945-51), Κων. Αλιφιεράκης, Αντ. Πελεκανάκης (1954), Γεώργιος Παπαδάκης, Παντ. Φραϊδάκης (1964-68), Ανδρέας Χατζηκώστας, Ελευθ. Δαφέρμος, Ιπποκράτης Σφακιανάκης, Μιχάλης Ρυμικής (1971), Μιχ. Δρακάκης, Εμμ. Χαλκιαδάκης, Γ. Τρουλλινάκης, Στ. Μοτζάκης (1979-82), Ν. Νινιδάκης, Στ. Μπερνιδάκης. (Καταργήθηκαν το 1983).
Σχολικοί Σύμβουλοι Β’ Περιφέρειας: Νίκος Παπουτσιδάκης (1983-93), Γεώργιος Περπιράκης, Δημοσθένης Παπαδομιχελάκης, Παναγ. Ζεγκίνογλου, Αντ. Μπερκούτης (2010), Καδιανάκη Μαρία, Χατζάκης Στέργιος.
Προϊστάμενοι 1ου Γραφείου: Αικ. Παπαδαντωνάκη (1983-85), Ευθύμης Πετρουλάκης, Αντώνης Τσαγλιώτης (1986-89), Αρκ. Σπανουδάκης, Θ. Δουκάκης, Κ. Ανδρεδάκης (94-97), Θ. Απανωμεριτάκης, Γ. Αρχοντάκης, Γ. Βοσκάκης, Ν. Φωτάκης, Στ. Κοντογιάννης, Λευτ. Παπαλεξάκης. ( Το Γραφείο καταργήθηκε το 2011).
Γ’ Περιφέρεια-2ο Γραφείο (Πέραμα)
Το 2ο Γραφείο Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης ιδρύθηκε το 1981 με έδρα το Πέραμα, με πρώτο αλλά και τελευταίο επιθεωρητή τον Χαρ. Βαβουρανάκη. Το γραφείο καταργήθηκετο 2011.
Προϊστάμενοι 2ου Γραφείου: Χρυσή Ανδρουλάκη (1983-86), Δ. Παρασύ-
ρης, Γ. Φλουρής, Ιωάν. Στεφανάκης, Γ. Φλουρής, Αρκ. Σπανουδάκης (1997-
04), Μανόλης Σαρρής (2004-11), Μιχ. Μπούζουκας (2011 καταργήθηκε).
Σχολικοί Σύμβουλοι 2ου Γραφείου: Ιωάννης Κρυοβρυσανάκης (1983-91),
Γ. Φλουρής, Ν. Αποστολάκης, Φ. Λιαναντωνάκης, Στάθης Στιβακτάκης (2010), Καδιανάκη Μ, Δασκαλόπουλος Ηλ..
Σχολικοί Σύμβουλοι Νηπιαγωγών Ρεθύμνου: Βασιλική Γάτα, Μαρία
Μπαδιεριτάκη, Μάλμου Αγγέλα, Ελευθερία Σιμιτζή- Δέλλα..
Πρόεδροι Διδασκαλικού Συλλόγου-Α΄ θμιας Εκπ/σης Ν. Ρεθύμνου
Ο Διδασκαλικός Σύλλογος Ρεθύμνου ιδρύθηκε το 1925 με πρώτο πρόεδρο τον Γεώργιο Δαφέρμο που για αρκετά χρόνια κατείχε τη θέση αυτή, ακολούθησαν οι Παντελής Ηλιακάκης, Ανδρέας Σταυρουλάκης επίσης για πολλά χρόνια και ο Γεώργιος Αποστολάκης.
Αναλυτικά οι άλλοι πρόεδροι από το 1970 ήταν:
1970-1975 Γεώργιος Βαρούχας
1975-1977 Κώστας Μυγιάκης
1977-1978 Μανόλης Σαριδάκης
1978-1980 Μιχάλης Ζαμπετάκης
1980-1982 Γεώργιος Ι. Ψωμάς
1982-1984 Γεώργιος Φλουρής
1984-1985 Δημήτρης Κουγιουμουτζής
1985-1986 Γιάννης Φωτάκης
1986-1987 Κώστας Ανδρεδάκης
1987-1988 Γεώργιος Κλάδος
1988-1992 Ανδρέας Ανδρουλιδάκης
1992-1993 Νικολαος Κοτσιφάκης
1993-1998 Κώστας Τζανιδάκης
1998-2000 Κώστας Πλουμής
2000-2001 Ιωάννης Ψυχαράκης
2001-2003 Γεώργιος Ψωμάς
2003-2005 Κωστής Πλουμής
2005-2007 Νικήτας Πευκιανάκης
2007-2008 Γιάννης Μαρινάτος
2008-2009 Κώστας Βερβερίδης
2009-2011 Γιάννης Μαρινάτος
2011-2013 Γεώργιος Τρούλης
2014-2015 Γιώργης Σαϊτάκης
2016- 2017Πόπη Παγώνη
2017- 2024 Στέλιος Ορφανουδάκης
2024- Γ. Μαρινάτος
ΔΣ ΣΥΛΛΟΓΟΥ 2024-2025
Πρόεδρος Γιάννης Μαρινάτος
Αντιπρέδρος: Γεωργαλάκη Νάντια
Γενική Γραμματ’εας Κρομμύδα Λίλη
Ταμίας: Ξιφαρά Βάνια
Μέλος Κυρίτσης Γιώργος
Μέλος: Ψωμά Ελένη
Μέλος: Ορφανουδάκης Στέλιος