Διαμαρτυρίες υπάρχουν για το νέο σύστημα μετεγγραφών, καθώς κατά την ηλεκτρονική υποβολή των αιτήσεων –η προθεσμία έως και την Κυριακή 27/10, μέσω της ιστοσελίδας www.minedu.gov.gr– έχουν αναδειχθεί κενά, τα οποία έχουν επισημανθεί στις αρμόδιες υπηρεσίες του υπουργείου Παιδείας.
Ενδεικτικά, από το Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας Αιγαίου, με βάση την υπουργική απόφαση αντιστοίχησης των τμημάτων, οι φοιτητές μπορούν να πάρουν μετεγγραφή σε τμήματα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας.
Φοιτήτρια με πατρικό στην Αθήνα και αδελφό φοιτητή στο Ρέθυμνο που υπέβαλε αίτηση μετεγγραφής προς το Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας του Παντείου Πανεπιστημίου, διαπίστωσε πως υποχρεωτικά θα πάρει μετεγγραφεί στο Τμήμα Ιστορίας Ρεθύμνου, διότι εκεί σπουδάζει ο αδελφός της. Το ίδιο συμβαίνει και με το Τμήμα Ιστορίας, Αρχαιολογίας και Κοινωνικής Ανθρωπολογίας Βόλου. Επίσης, οι φοιτητές που ζητούν μετεγγραφή από το Τμήμα Επιστημών της Εκπαίδευσης και Κοινωνικής Εργασίας στο Παν. Πατρών μπορεί να οδηγηθούν είτε σε παιδαγωγικά τμήματα είτε σε τμήματα κοινωνικής εργασίας, διότι προηγείται στην αξιολόγηση της αίτησης ο τόπος σπουδών του μεγαλύτερου αδελφού. Το υπουργείο, πάντως, απαντά ότι οι εν λόγω φοιτητές έχουν ζητήσει μετεγγραφή στον τόπο σπουδών του αδελφού τους, καθώς δεν πληρούν τα οικονομικά κριτήρια για να μετεγγραφούν σε σχολή κοντά στο πατρικό τους.
Ενα άλλο κενό στο σύστημα είναι ότι δεν υπάρχει πρόβλεψη να πάρουν μετεγγραφή φοιτητές τμημάτων ΤΕΙ μεγαλύτερων ετών, τα οποία συγχωνεύθηκαν από φέτος με πανεπιστήμια. Ενδεικτικά, έως πέρυσι ένας φοιτητής του ΤΕΙ Δυτικής Μακεδονίας μπορούσε να πάρει μετεγγραφή στο ΤΕΙ Κρήτης. Μετά τη συγχώνευση του ΤΕΙ Δυτικής Μακεδονίας με το ομώνυμο πανεπιστήμιο, οι παλαιότεροι φοιτητές του ΤΕΙ συνεχίζουν να σπουδάζουν στο τμήμα όπου εισήχθησαν, το οποίο βρίσκεται σε μεταβατική φάση, καθώς δεν δέχθηκε μεν πρωτοετείς αλλά έχει τους φοιτητές των μεγαλύτερων ετών. Ωστόσο, αυτοί δεν έχουν άλλο ίδρυμα ΤΕΙ για να πάρουν μετεγγραφή, αφού όλα τα ΤΕΙ συγχωνεύθηκαν με πανεπιστήμια και δεν προβλέπονται μετεγγραφές μεταξύ τμημάτων ΤΕΙ υπό μεταβατική λειτουργία. Το θέμα έφερε στη Βουλή η βουλευτής του ΚΙΝΑΛ Χαρά Κεφαλίδου.
Από την πλευρά της, η υπουργός Παιδείας Νίκη Κεραμέως, στο πλαίσιο της κοινής συνεδρίασης των διαρκών επιτροπών της Βουλής επί των διατάξεων του υπουργείου Παιδείας, αναφέρθηκε στο ζήτημα της κάλυψης των θέσεων εκπαιδευτικών στα σχολεία. Στην ίδια επιτροπή ο πρόεδρος της ΟΛΜΕ και συνδικαλιστής της ΔΑΚΕ, Θεόδωρος Τσούχλος, δήλωσε ότι η ΟΛΜΕ ζητάει την κατάργηση των Προτύπων Σχολείων, χαρακτηρίζοντάς τα «ελιτίστικα». Πρόκειται για θέση της ΟΛΜΕ από 1/4/2015. Αντίθετα, το πρόγραμμα της Ν.Δ. προβλέπει ενίσχυση του θεσμού των Πρότυπων-Πειραματικών Σχολείων.