Οι Ελένες βρίσκονται 38 χλμ. από το Ρέθυμνο στο δρόμο προς το Γερακάρι, σε υψόμετρο 640 μ. και έχουν 94 κατοίκους (απογραφή 2011) και αποτελεί δημοτικό διαμέρισμα Αμαρίου με 197 κατοίκους μαζί με τα Μεσονήσια. Το 2001 ήταν δημοτικό διαμέρισμα Δήμου Συβρίτου με 91 κατοίκους, σήμερα όμως έχουν ελάχιστους κατοίκους. Είναι από τους αρχαιότερους οικισμούς, πιθανότατα υπήρχαν από τη Μινωική Εποχή, σε μια ρεματιά στις όχθες του ποταμού Πλατύ, όπως μαρτυρούν τα προϊστορικά και χριστιανικά μνημεία, ενώ φαίνεται να βρισκόταν σε άκμη τη Βυζαντική εποχή.
Ευρήματα μεγάλης αρχαιολογικής αξίας, όπως διπλοί πέλεκεις, νομίσματα, αγγεία κ.α. βρέθηκαν στην περιοχή (Μουσεία Ρεθύμνου, Ηρακλείου).
Η ονομασία του χωριού φαίνεται να την πήρε την Ενετική περίοδο (13ο αιώνα) από δύο καλόγριες που ονομαζόταν Ελένες και αντιπροσώπευαν το χωριό τους, που ήταν μετόχι της Μονής Καλοείδαινας.
Για πρώτη φορά αναφέρονται το 1583 με την ονομασία Ελλένες με 147 κατοίκους, ενώ το 1834 με έξι χριστιανικές οικογένειες και τέσσερις τούρκικες.
Το 1881 ως Ελέναις στο Δήμο Μέρωνα με 91 Χριστιανούς. Το 1920 στον αγροτικό Δήμο Γερακαρίου με 115 κατοίκους, ενώ το 1940 αποτελούν ομώνυμη κοινότητα μαζί με τα Μεσονήσια.
Συμμετοχή σ' όλους τους αγώνες
Οι κάτοικοι των Ελενών πήραν μέρος σ' όλους τους αγώνες για την ελευθερία της πατρίδας από το 1866-1945. Από τους αγωνιστές ξεχώρισε ο λυράρης Ανδρέας Κουκλινός ή Ανδρουλιό, που πήρε μέρος στο Ολοκαύτωμα του Αρκαδίου το 1866.
Ο ευεργέτης του χωριού
Στυλιανός Μιχ. Μαρκαντώνης (1875-1962) φοίτησε στο ξακουστό σχολείο του Αγ. Πνεύματος Κισσού, πηγαινοερχόμενος καθημερινά στη σχολή, έχοντας μεγάλο ζήλο για τα γράμματα.
Πήγε στην Αθήνα ανοίγοντας κοσμηματοπωλείο, όμως ενώ πήγαινε αρκετά καλά, διέρρηξαν το κατάστημά του, έτσι επέστρεψε στις Ελένες πάμπτωχος. Δεν το έβαλε όμως κάτω και πουλώντας ένα χωράφι του, «αγόρασε» το διαβατήριο το 1900 για την Αμερική, κρατώντας μαζί του την εικόνα του Αγ. Νικολάου. Με σκληρή δουλειά κατάφερε μαζί με τρεις συμπατριώτες του, ν' ανοίξουν ρεστοράν στην Ν. Υόρκη. Οι δουλειές πήγαιναν καλά και έφτασαν να λειτουργούν συνολικά 12 καταστήματα.
Το 1925 έρχεται στις Ελένες και βοηθά στην ανάπτυξη του χωριού του.
1. Χρηματοδότησε την ανοικοδόμηση της βρύσης.
2. Αγόρασε οικόπεδο και χτίστηκε το σχολείο με δικά του έξοδα.
3. Διαμόρφωσε την πλατεία του χωριού.
4. Ανακαίνισε τον παλαιό ναό του Αγ. Νικολάου.
5. Δημιούργησε πρότυπο κήπο τεσσάρων στρεμμάτων στο σχολείο κ.α.
Στην Αμερική βοήθησε στην προβολή του ελληνικού στοιχείου, ενώ φορούσε την κρητική φορεσιά με τα σαλβάρια και το σκούφο, φορτωμένος με παράσημα.
Οι επιτυχίες όμως αυτές δεν είχαν ανάλογες οικογενειακές, δεν απέκτησε παιδιά και ο γάμος του διαλύθηκε, ενώ υπήρξαν και διαφωνίες με τους συνεταίρους του.
Όλα αυτά έφεραν την κατάρρευση, απόμεινε μόνος του και φτωχός.
Έτσι επέστρεψε το 1955 στον Πειραιά με δεκάδες κιβώτια συσκευασμένα και εγκαταστάθηκε στο Χαλάνδρι. Τα 80 κιβώτια περιείχαν έργα τέχνης, πορσελάνες, αμφορείς και ανεκτίμητης αξίας αντικείμενα με σκοπό να ιδρύσει Μουσείο στο χωριό του, δυστυχώς όμως καταστράφηκαν κατά τη μεταφορά.
Πληγωμένος απ' όλα αυτά, πέθανε το 1962 μόνος και πάμπτωχος και τάφηκε στην Αθήνα.
Οι χωριανοί του το 1965 έκαναν μετακομιδή των οστών του, σε οικογενειακό τάφο στις Ελένες, ενώ έστησαν και χάλκινη προτομή του κάτω από τις λεύκες του σχολείου που ίδρυσε.
Εκκλησίες
1. Άγ. Νικόλαος-Αγ. Άννα (δίκλιτη ενοριακή). Βυζαντινή εκκλησία του 11ου αιώνα, ενώ το β' κλίτος το 1780. Ο «πατέρας του χωριού», όπως αποκαλούν οι κάτοικοι τον Αγ. Νικόλαο, με τοιχογραφίες του 1609.
2. Αγ. Γεώργιος. Βυζαντινή εκκλησία.
3. Αγ. Ειρήνη, παλιό εξωκλήσι στο λόφο.
4. Μεταμόρφωση Χριστού (νεκροταφείο).
Σχολείο
Το 1925 με δαπάνες του Στυλιανού Μιχ. Μαρκαντώνη (Αμερικάνου) αγοράστηκε το οικόπεδο και χτίστηκε το σχολείο του χωριού, από τον τεχνίτη Γ. Σταυρουλάκη.
Μάλιστα ο δωρητής το εξόπλισε μ' όλα τα έπιπλα και τα εποπτικά μέσα διδασκαλίας, ενώ φρόντισε και για το μεγάλο αγροκήπιο (σχολικό κήπο).
Όλα «εκ των κόπων και ιδρώτων του εις ΗΠΑ», όπως αναφέρεται στην είσοδο του σχολείου.
Στο σχολείο μέχρι το 1952 φοιτούσαν μαθητές και από τα Μεσονήσια, που έφταναν τους 70.
Τα τελευταία χρόνια του 20ου αιώνα το σχολείο συγχωνεύτηκε, όπως και όλα τα γειτονικά σχολεία με το 6θέσιο Δημοτικό Σχολείο Αποστόλων (ένα από τα τρία του Δήμου Αμαρίου, Φουρφουρά και Πλατάνου τ' άλλα).
Ανάμεσα στους δασκάλους που δίδαξαν στο σχολείο ήταν οι: Μανόλης Κουτάκης (Οψιγιάς), Γεώργιος Ε. Ξέκαλος (Ν. Αμάρι, αργότερα διευθυντής Ακαδημίας), Ελένη Γουμενάκη (Αμάρι), Ευαγ. Παυλοπούλου, Γιάννης Ξέκαλος κ.α.
Σπήλαια-φαράγγια
Μαργιελέ Τρύπα (30Χ8Χ1,5) νεολιθικής και αρχαϊκής εποχής, ΒΑ του χωριού.
Μακρέ Σπήλιος (15Χ3Χ2).
Λαχταριδόσπηλιος ΒΑ.
Σ' ένα φαράγγι υπάρχει μια πηγή «Της παπαδιάς η βρύση», που το νερό βγάζει μικρούς κοριαλούς.
Τέλος στην κοιλάδα του Πλατύ λειτουργούσαν μέχρι το 1950 δυο αλευρόμυλοι.
Στην κορυφή του λόφου «Εγκουσάτης» με τους αιωνόβιους δρύες, σώζονται ερείπια τούρκικων κουλέδων.
Επίθετα-οικογένειες
Αλεξανδράκης, Γιανναράκης, Κουκλινός, Λαρεντζάκης, Μανουσάκης, Μαρκαντώνης, Πατεράκης, Πολιτάκης, Χειμωνάκης, Χριστοδουλάκης, Χαιρέτης.
Μεσονήσια
Τα Μεσονήσια είναι οικισμός δημοτικού διαμερίσματος Ελενών Αμαρίου στις υπώρειες του όρους «Κατσονήσι» και απέχει 40 χλμ. από το Ρέθυμνο, σε υψόμετρο 660 μ., έχοντας 103 κατοίκους (απογραφή 2011).
Το 2001 ανήκε στο Δήμο Συβρίτου με 97 κατοίκους. Αναφέρεται για πρώτη φορά το 1577 ως Μεσονήσσα με 143 κατοίκους και το 1583 με 394 οφειλόμενες αγγαρείες.
Το 1881 αναφέρεται ως Μεσονήσια και ανήκε στο Δήμο Μέρωνα με 94 Χριστιανούς και 23 Τούρκους, ενώ το 1900 είχε 125 κατοίκους.
Το 1920 ανήκε στην Κοινότητα Γερακαρίου και το 1940 στην κοινότητα Ελενών, με 123 κατοίκους.
Τα πρώτα χρόνια της ίδρυσής του, κατά την ενετοκρατία οι κάτοικοι πίστευαν ότι το χωριό τους βρισκόταν στη μέση της νήσου Κρήτης, για το λόγο αυτό ονομάστηκε Μεσονήσια.
Στην πραγματικότητα όμως βρίσκεται στο μέσο της νήσου όχι κατά μήκος, αλλά κατά πλάτος (βορά-νότου).
Οι κάτοικοι πήραν μέρος σ' όλους τους αγώνες της πατρίδας, με τους Γιώργη, Νίκο και Τηλέμαχο Μανουσάκη, αλλά και τον Όθωνα Πατσαχάκη να χάνουν τη ζωή τους στη Μ. Ασία.
Εκκλησίες
Αγ. Αντώνιος. Ενοριακή του 12ου αιώνα και παλιά ήταν μοναστήρι.
Παναγία Καρεφυλάτη (10ου αιώνα) προστάτης του χωριού από κάθε κακό. Οι κάτοικοι πιστεύουν ότι η χάρη της Παναγίας βοήθησε το χωριό να μην πάθει κακό από τους Γερμανούς, μάλιστα τ' άλλα γειτονικά χωριά, όπως και οι οκτώ κάτοικοι που πολέμησαν στην Αλβανία επέστρεψαν όλοι σώοι.
Αγ. Ονούφριος, επί ενετοκρατίας ήταν μοναστήρι. Το 1920 βρέθηκαν πήλινα γουρουνάκια.
Μεταμόρφωση Χριστού, στην κορυφή του Σωρού.
Ιερέας του χωριού είναι σήμερα ο Σεβαστιανός Πολιτάκης.
Σχολείο
Το 1953 με προσωπική εργασία και από χρήματα του κράτους και της εκκλησίας χτίστηκε το σχολείο του χωριού. Τα τελευταία χρόνια το σχολείο συγχωνεύτηκε με το 6θέσιο Δημοτικό Σχολείο Αποστόλων. Δάσκαλοι που δίδαξαν στο σχολείο ήταν οι: Ψαρουδάκης, Ι. Βαμιεδάκης, Δ. Ιερωνυμάκης, Στ. Μπαγουράκης, Ι. Ψυχαράκης κ.α.
Αρχές του 1960 με δάσκαλο τον Στέλιο Μπαγουράκη (Άνω Μέρος) φοιτούσαν 12 μαθητές οι: Ι. Μανουσάκης, Ειρ. Πατσαχάκη, Βασιλική Γαλάνη, Άννα Πατσαχάκη, Μιχάλης και Ελένη Μανουσάκη, Γιώργης Πατσαχάκης.
Στη φώτο κάτω οι: Μανόλης Μανουσάκης, Νίκη Πατσαχάκη, Κωστής Αγγελάκης, Γεωργία και Νίκος Μανουσάκη.
Σπήλαια
Έξω από τα Μεσονήσια υπάρχει μια σπηλιά της «Ζογγλής η Τρύπα», με δύο αίθουσες. Δίπλα από τη σπηλιά υπάρχει σύμφωνα με την παράδοση ο «Καλογερόσπηλιος», όπου έζησε κατά τον 8ο αιώνα και πέθανε μέσα ένας καλόγερος.
Το σπήλαιο επί γερμανικής κατοχής ήταν καταφύγιο Άγγλων και αντιστασιακών.
Στην τοποθεσία Κόκκινος Δέτης υπάρχει μικρό σπήλαιο με σταλακτίτες και σταλαγμίτες, ενώ στη θέση Καλαμαύκα η σπηλιά «Του Αγιασμένου», όπου έζησε και άγιασε ένας ασκητής.
Οικογένειες
Αλεξανδράκης, Γαλάνης, Μανουσάκης, Πατεράκης, Πατσαχάκης, Σταματάκης, Ταταράκης, Χαιρέτης.
Γεωργιουδάκης και Φενάκης πήγαν στις Πρασσές και ονομάζονται Μεσονησανάκηδες.
Πηγές: «Ρεθυμνιώτικος Πανδέκτης», Λευτέρης Κρυοβρυσανάκης.
«Ελένες» του Νικ. Κ. Μαρκαντώνη.
«Νομαρχία Ρεθύμνου» Μιχ. Τρούλη και πληροφορίες από τους εκπαιδευτικούς Νικ. Μαρκαντώνη (Ελένες) και Γιάννη Πατσαχάκη (Μεσονήσια).
